Музей станет первой работой в Латинской Америке известного архитектора-деконстуктивиста Фрэнка Гери (Frank Gehry), автору знаменитого музея Гуггенхейма в испанском Бильбао. 83-х летний архитектор, женатый на гражданке Панамы, следит за ходом работ на расстоянии, каждую неделю проводя интернет-конференции из Лос-Анджелеса со своими панамскими коллегами.

Смешение геометрических форм под разными углами и сочетание синего, оранжевого и красного цветов стали основой архитектурной концепции здания нового музея. По словам учредителей музея, художественное оформление здания будет сочетаться с экспозицией музея, которая призвана раскрыть всю широту биоразнообразия Панамы и Латинской Америки, а также важность Панамского перешейка в качестве места встречи Америк, Северной и Южной. Представители музея отмечают его кардинальное отличие от любого другого музея: Музей Биоразнообразия совместит в себе мир искусства и науки, расскажет обо всем живом на планете, как единой истории эволюции.

В первой половине 2013 года планируется открыть первые пять залов музея. Остальные три будут готовы принять посетителей годом позже. Проект предусматривает создание ботанического сада и аквариум, где можно наблюдать взаимодействие вод Тихого и Атлантического океанов и разницу между их обитателями. Одним из первых будет открыт зал "Галерея биоразнообразия", за ним последуют "Панамарама", где будет демонстрироваться на 10 экранах различные экосистемы Панамы; "Возникновение моста" с рассказом о формировании Панамского перешейка; о миграции растений и животных с одного континента на другой можно будет узнать в зале "Великий обмен".

Стоимость строительства музея и создание экспозиций приближается к 100 млн. долларов США. Учредители ожидают уже в первый год работы порядка 600 тыс. посетителей, каждому из которых предстоит заплатить от 10 (для граждан Панамы) до 15 (для туристов) долларов за вход.

Чтобы проиллюстрировать биоразнообразие Панамы, стоит напомнить, что в стране на площади 75 тыс. км. кв. живут больше видов птиц, млекопитающих, растений и рептилий, чем в США и Канаде вместе взятых. На одном лишь острове Барро-Колорадо (Barro Colorado) на озере Гатун, видов растений произрастает больше, чем во всей Европе.