После того, как Османская империя в 1517 году захватила Египет, турки построили несколько крепостей в долине Нила и на красноморском побережье.

Одной из таких фортеций стало построенное в 1571 году, то есть в правление султана Селима II, укрепление Эль-Кусейр, что в переводе с арабского и означает «небольшая крепость». Сооружение было предназначено не для удержания территории, а для наблюдения за побережьем, а также для защиты паломников, следовавших в Мекку, от нападений бедуинов.

К середине XVIII века османы забросили было крепость, но с вторжением экспедиционного корпуса Н. Бонапарта она вновь была подготовлена к обороне.

В результате в феврале 1799 года французской флотилии, прибывшей из Суэца, не удалось здесь закрепиться.

Эль-Кусейр был занят французским отрядом под командованием Ф. Донзело и О. Бельяра после боя с турками 29 мая 1799 года.

Французы укрепили стены надвратным бастионом и установили на них свои пушки.

Они пробыли здесь около двух лет, выдержав бомбардировку британского флота.

Лишь в 1801 году после разгрома французского флота адмиралом Г. Нельсоном под Александрией французы и отсюда спешно ретировались, оставив здесь несколько пушек, сохранившихся до сих пор.

В начале 1820-х годов правитель Египта Мухаммед Али-паша в рамках проводимой им военной реформы приказал привести в порядок ставшую ветшать крепость.

Эль-Кусейр был использован им как база для походов в Судан и подавления восстания в Аравии.

В XX веке укрепление использовалось береговой охраной Египта вплоть до 1975 года.

Фортеция представляет собой правильный ромб, расположенный на возвышенности с севера на юг, общей площадью около 3 600 кв. м.

Площадь внутреннего двора составляет около 2 500 кв. м.

Ближайшее расстояние от крепости до Красного моря, что является расстоянием от ее ворот до гавани, расположенной к юго-востоку – около 210 м, а до побережья к северо-востоку – около 320 м.